應根據產品發展及生產工藝更新改造和擴大生產規模的要求來確定潔凈廠房建筑平面布置和空間布置。
潔凈廠房宜采用大跨度柱網，不宜采用內墻承重的結構體系，這樣便于適應工藝的變化和進行改造。
潔凈廠房圍護結構應采用保溫、防火、防潮、少產塵、易清潔的材料，要求可隨意組裝、可拆卸、可重復使用，如夾芯彩鋼板就是潔凈廠房圍護結構最常用的材料。
潔凈廠房的潔凈區域不應穿越變形縫、沉降縫，如工藝設計需要潔凈區域面積很大必須設有變形縫時應采取相應的密封措施。
潔凈廠房上、下技術層，技術夾道（豎向）應滿足生產工藝、空調管道、動力、電、水專業的管道的要求。潔凈生產層（工藝層）上部的技術夾層，一般用于凈化空調系統的送風靜壓箱或安裝循環送風的空調箱或FFU裝置和風管以及動力管線，層高一般約3m（也有更高的）。潔凈生產層（工藝層）活動地板和多孔板以下的下技術夾層，一般用于設置公用動力設施及管線，也是凈化空調系統的回風靜壓箱，層高一般約為4m（也有更高的）。這種形式的潔凈廠房，一般規模大，產品生產工藝連續性強，自動化程度高，所以在進行建筑平面、空調布局和構造設計時，應與工藝設計、公用動力工程設計密切配合，充分滿足生產工藝需要和各種公用動力管設施的安裝維護要求，方便運行管理的建筑設計。這種設計形式屬于垂直單向流或混合流潔凈室。潔凈室的技術夾道主要用于安裝空氣過濾器、干盤管、燈具、風管和各種公用動力管線，技術夾道的寬度應與各專業設計人員商量決定。
潔凈廠房內的通道寬度應滿足人員操作和疏散、物料運輸、設備安裝和檢修的要求，如個別工藝設備體積很大，可以讓設備先就位再做內裝隔斷，也可以用活絡隔斷（可拆卸）留出大型設備進出的通道，便于大型設備的更新和檢修。