1.藥廠凈化車間與非凈化車間區域之間必須維持一定的壓差值，凈化車間與凈化車間之間隨著潔凈度等級的區別也必須維持一定的正壓梯度。《潔凈廠房設計規范》規定不同級別的凈化車間之間靜壓差大于等于5Pa，潔凈區與非潔凈區之間的靜壓差應大于5Pa，潔凈區與室外的靜壓差應大于10Pa。凈化車間的正壓值必須控制在設計范圍內:若壓差過小，凈化車間的正壓很容易被破壞，潔凈度會受到影響；若正壓過大，就會使潔凈空調系統的新風量增大，空調負荷增加，不節能，還會使中、高效過濾器使用壽命縮短，很不經濟。另外室內靜壓值大于50Pa時門的開關就會受到影響，再大時還會把凈化車間的輕質隔斷吹倒。
2.藥廠凈化車間維持不同等級的壓差值所需要的風量，應根據藥廠凈化車間的特點，宜采用縫隙法或換氣次數法確定。
3.送風機、回風機和排風系統的啟閉應聯鎖。正壓凈化車間的聯鎖程序為先啟動送風機，再啟動回風機和排風機，關閉時聯鎖程序應相反。負壓凈化車間的聯鎖程序與正壓凈化車間相反。
4.為保證正壓值不消失，非連續運行的凈化車間可根據生產工藝要求設置值班風機。5.余壓閥是控制凈化車間正壓值過大的一種手段。