制藥廠廠址選擇程序一般包括準備、現場調查和編制廠址選擇報告3個階段。
一、準備階段
1、組織準備 一般按項目的隸屬關系由主管部門組織勘察、設計、城市建設、環境保護、交通運輸、水文地質等單位的人員以及當地有關部門的人員，共同組成選址工作組。制藥廠選址工作組成員的專業配備應視工程項目的性質和內容不同而有所側重。
2、技術準備 制藥廠選址工作人員根據擬建項目的設計任務書以及審批機關對擬建項目選址的指標和要求，制定選址工作計劃，編制廠址選擇指標和收集資料提綱。制藥廠廠址選擇指標包括總投資、占地面積、建筑面積、職工總數、原材料及能源消耗、協作關系、環保設施和施工條件等。收集資料提綱包括地形、地勢、地質、水文、氣象、地震、資源、動力、交通運輸、給排水、公用設施和施工條件等。在此基礎上，對擬建項目進行初步的分析研究，確定工廠組成，估算制藥廠廠區外形和占地面積，繪制出總平面布置示意圖，并在圖中注明各部分的特點和要求，作為選擇制藥廠廠址的初步指標。
二、現場調查階段
現場調查是制藥廠廠址選擇的關鍵環節，其目的是按照制藥廠廠址選擇指標，深入現場調查研究，收集相關資料，確定若干個具備建廠條件的廠址方案，以供比較。
現場調查前，選址工作組應首先向當地有關部門說明選址工作計劃，匯報擬建廠的性質、規模和廠址選擇指標，并根據地方有關部門的推薦，初步選擇若干個需要進行現場調查的可能的廠址。
現場調查的重點是按照準備階段編制的收集資料提綱收集相關資料，并按照廠址的選擇指標分析建廠的可行性和現實性。在現場調查中，不僅要收集廠址的地形、地勢、地質、水文、氣象、面積等自然條件，而且要收集廠址周圍的環境狀況、動力資源、交通運輸、給排水、公用設施等技術經濟條件。收集資料是否齊全、準確，直接關系到廠址方案的比較結果。
三、編制廠址選擇報告階段
編制廠址選擇報告是廠址選擇工作的最后階段。根據準備階段和現場調查階段所取得的資料，對可選的幾個廠址方案進行綜合分析和比較，權衡利弊，提出選址工作組對廠址的推薦方案，編制出廠址選擇報告，報上級批準機關審批。