一、醫藥廠房總平面設計應與城鎮或區域的總體發展規劃相適應
每個城鎮或區域一般都有一個總體發展規劃，對該城鎮或區域的工業、農業、交通運輸、服務業等進行合理布局和安排。城鎮或區域的總體發展規劃，尤其是工業區規劃和交通運輸規劃，是所建企業的重要外部條件。因此，在進行總平面設計時，設計人員一定要了解項目所在城鎮或區域的總體發展規劃，使醫藥廠房總平面設計與該城鎮或區域的總體發展規劃相適應。
在進行醫藥廠房總平面設計時，應面向城鎮交通干道方向作工廠的正面布置，正面的建筑物應與城鎮的建筑群保持協調。醫藥廠房廠區內占地面積較大的主廠房一般應布置在中心地帶，其他建筑物可合理配置在其周圍。工廠大門至少應設兩個以上，如正門、側門和后門等工廠大門及生活區應與主廠房相適應，以便職工上下班。
二、醫藥廠房總平面設計應符合生產工藝流程的要求
凈化車間、倉庫等建筑物應盡可能按照生產工藝流程的順序進行布置，以縮短物料的傳送路線，并避免原料、半成品和成品的交叉、往返。
醫藥廠房總平面設計應將人流和物流通道分開，并盡量縮短物料的傳送路線，避免與人流路線的交叉。同時，應合理設計廠內的運輸系統，努力創造優良的運輸條件和效益。
三、醫藥廠房總平面設計應充分利用廠址的自然條件
醫藥廠房總平面設計應充分利用廠址的地形、地勢、地質等自然條件，因地制宜，緊湊布置，提高土地的利用率。醫藥廠房廠址的地形、地勢的變化情況可用地形圖中的等高線來描述。
四、醫藥廠房總平面設計應充分考慮地區的主導風向
醫藥廠房總平面設計應充分考慮地區的主導風向對藥廠環境質量的影響，合理布置醫藥廠房廠區及各建筑物的位置。廠址地區的主導風向是指風吹向廠址最多的方向，可從當地氣象部門提供的風玫瑰圖查得。風玫瑰圖表示一個地區的風向和風向頻率。風向頻率是在一定的時間內，某風向出現的次數占總觀測次數的百分比。風玫瑰圖在直角坐標系中繪制，坐標原點表示廠址位置，風向可按8個、12個或16個方位指向廠址。
原料藥生產區應布置在全年主導風向的下風側，而潔凈區、辦公區、生活區應布置在全年主導風向的上風側，以減少有害氣體和粉塵的影響。
五、醫藥廠房總平面設計應符合國家的有關規范和規定
制藥企業通常具有易燃、易爆、有毒等特點，總平面設計應充分考慮安全布局，嚴格遵守防火、衛生等方面的安全規范、標準和有關規定，尤其是防止火災和爆炸的發生，以利保護國家財產，保障職工的人身安全和改善勞動條件。
六、醫藥廠房總平面設計應為施工安裝創造有利條件
醫藥廠房總平面設計應滿足施工和安裝（特別是大型設備吊裝）機具的作業要求，兼顧施工要求的道路，其技術條件、路面結構和橋涵載荷標準應滿足施工安裝的要求。