在制藥廠設計中，當工藝流程示意圖確定之后，即可進行物料衡算。通過物料衡算，可以深人地分析和研究生產過程，得出生產過程中所涉及的各種物料的數量和組成，從而使設計由定性轉入定量。在整個制藥廠設計中，物料衡算是最先進行的一個計算項目，其結果是后續的能量衡算、設備選型與制藥廠設計、制藥車間布置設計、管道設計等各單項設計的依據，因此，物料衡算結果的正確與否直接關系到整個工藝設計的可靠程度。
物料衡算的依據是工藝流程示意圖以及為物料衡算收集的有關資料。雖然工藝流程示意圖只是定性地給出了物料的來龍去脈，但它決定了應對哪些過程或設備進行物料衡算，以及這些過程或設備所涉及的物料，使之既不遺漏，也不重復。可見，工藝流程示意圖對物料衡算起著重要的指導作用。
根據物料衡算結果，將工藝流程示意圖進一步深化，可繪制出物料流程圖。在物料衡算的基礎上，可進行能量衡算、設備選型與工藝設計以確定設備的容積、臺數和主要工藝尺寸，進而可進行車間布置設計和管道設計等項目。
在實際應用中，根據需要，也可對已經投產的一臺設備、一套裝置、一個車間或整個工廠進行物料衡算，以尋找生產中的薄弱環節，為改進生產、完善管理提供可靠的依據，并可作為判斷工程項目是否達到設計要求以及檢查原料利用率和“三廢”處理完善程度的一種手段。
制藥工業包括原料藥工業和制劑工業，其中制劑工業的生產過程通常為物理過程，其物料衡算比較簡單，在此不再敘述。原料藥的生產途徑很多，如化學合成、生物發酵、中草藥提取等。本章主要討論化學過程的物料衡算。