由于我國目前制藥行業競爭激烈，只有降低生產成本，才能使企業在競爭中立于不敗，而一般藥廠凈化中央空調的耗電量可達生產總用電量的一半以上。因此，凈化中央空調系統的節能對藥廠經濟效益和企業生存均有著更深遠的意義。部分的生物制藥車間空調系統主要存在以下高能耗問題：
一、采用一次空調回風+再熱系統。采用此類空調系統的制藥車間不在少數，即便是一些外資背景的藥品生產企業采用外資設計公司的設計方案，也經常看到此類系一統。一次回風的空調方式在舒適性空調領域得到了廣泛使用，采用露點送風，而送風量完全根據室內負荷計算得出，這樣的方式具有空調系統簡單，相互獨立等優勢。然而在制藥車間，潔凈空調送風量是采用相應潔凈級別所需凈化風量和消除室內負荷所需送風量的較大值，在多數情況下，凈化風量是遠大于消除負荷所需風量的。而制藥車間對房間的溫、濕度都有具體的要求，在我國大部分地區都存在需要除濕的時間段，而為了滿足濕度要求就造成了一次空調回風系統的浪費。隨著我國的GMP與國際的逐步接軌，制藥車間的換氣次數也要求越來越高，此類系統的高能耗特征將越發顯著。大幅增加企業的運行成本，與低碳、環保的社會共同目標也是嚴重的背道而馳。
二、空調風機采用定頻風機。隨著變頻技術的發展在潔凈空調領域得到了大范圍利用，但仍有很多投資方為了壓縮初投資使用定頻風機，殊不知這樣的做法是嚴重的得不償失，首先，采用定頻風機無法保障空調送風量的恒定，很多系統在過濾器阻力達到終阻力時送風量根本無法滿足設計要求，另外一種情況就是人為加大風機的額定風量，讓空調在大部分時間超風量運行，這樣的后果就是整個系統投資增加，風機能耗、冷熱耗量均增加。
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