如今我國非常重視環保，廢水的排放必須要達到標準后才能排放，否則是違法的，那么在藥廠設計中，廢水的處理是非常重要且必須的，下面筆者就談下藥廠設計之廢水的污染控制指標。
（1）藥廠設計之水質指標 表征廢水水質的指標很多，比較重要的有pH值、懸浮物（SS）、生化需氧量（BOD）、化學需氧量（COD）等指標。
（2）藥廠設計之清污分流 清污分流是指清水（如間接冷卻用水、雨水和生活用水）與廢水（如制藥生產過程中排除的各種廢水）分別用各自不同的管路或渠道輸送、排放或儲存，以便于清水的循環使用和廢水的處理。
（3）藥廠設計之廢水處理級數 廢水處理級數分為三級。
一級處理通常是采用物理方法或簡單的化學方法（氣浮法、吸附法、反滲透法和吹脫氨氮法、混凝法、Fe-C處理 Fenton法、試劑處理法、深度氧化、濕式氧化、超臨界氧化）除去水中的漂浮物和部分處于懸浮狀態的污染物，以及調節廢水pH值等。
二級處理通常指生物處理法，以去掉廢水中大部分有機物。生物處理法包括加壓生化法、深井曝氣法、生物膜法、序批式間歇活性污泥法（SBR法）、厭氧生物處理法、固定化微生物法、氧化溝等。
三級處理一般采用過濾、活性炭吸附、臭氧氧化、離子交換、電滲析、反滲透基生物法等，以去除二級處理中未能去除的污染物，包括不能被微生物分解的有機物、可導致水體富營養化的無機物（氮、磷等），以及各種病毒、病菌等。
（4）藥廠設計之廢水的污染控制指標 根據《污水綜合排放標準》，按污染物對人體健康的影響程度，將污染物分為兩類。
①第一類污染物 指能在環境或生物體內積累，對人體健康產生長遠不良影響的污染物。《污水綜合排放標準》中規定的此類污染物有9種，即總汞、烷基汞、總鎘、總鉻、六價鉻、總砷、總鉛、總鎳、苯并［a］芘含有這一類污染物的廢水，不分行業和排放方式，也不分受納水體的功能差別，一律要在車間或車間處理設施的排出口取樣，其最高允許排放濃度必須符合《污水綜合排放標準》規定。
②第二類污染物 指其長遠影響小于第一類的污染物。在《污水綜合排放標準》中規定的有pH值、化學需氧量、生化需氧量、色度、懸浮物、石油類、揮發性酚類、氰化物、硫化物、氟化物、硝基苯類、苯胺類等共20項。含有第二類污染物的廢水在排污單位排出口取樣。根據受納水體的不同，執行不同的排放標準。