制藥工程是應用生化反應或化學合成、各種分離單元操作以及藥物制劑技術(shù)，實現(xiàn)藥物工業(yè)化生產(chǎn)的工程技術(shù)，包括:生物制藥、化學制藥、中藥制藥。制藥工程設(shè)計包括:化學原料藥、生物藥、中成藥、藥物制劑、藥用包裝材料等項目的工藝設(shè)計，其工藝設(shè)計類型包括:合成制藥工藝、生物制藥工藝、中成藥工藝、制劑工藝設(shè)計。
制藥工程設(shè)計的具體工作是設(shè)計一個新的制藥廠，包括生產(chǎn)與輔助設(shè)施，或?qū)σ延械墓S進行擴建、改建。工程設(shè)計一般包括總體設(shè)計和局部設(shè)計。凡是設(shè)計范圍涉及整個工廠的稱總體設(shè)計。如某抗生素廠的總體設(shè)計有總平面、工藝、公用工程、土建等設(shè)計以及有關(guān)可行性研究、廠址選擇、經(jīng)濟概算等。凡是設(shè)計的范圍不涉及整個工廠的全部內(nèi)容，而只涉及其中的一部分的，稱局部設(shè)計。
車間工藝設(shè)計是制藥廠工程設(shè)計的主導設(shè)計，藥廠的基本建設(shè)項目和技術(shù)改造項目都涉及車間工藝設(shè)計問題，是一項綜合性很強的工作，是由工藝設(shè)計和非工藝設(shè)計（包括土建、設(shè)備、安裝、采暖通風、電氣、給排水、動力、自控、概預算、經(jīng)濟分析等）所組成。其中工藝設(shè)計是主導設(shè)計，它起著貫穿全過程并且組織協(xié)調(diào)各專業(yè)設(shè)計的作用，但僅有工藝設(shè)計是不可能完成制藥廠全部工程設(shè)計工作的。
生物制藥生產(chǎn)車間工藝設(shè)計不僅要具備一般藥廠設(shè)計知識，如生產(chǎn)工藝流程設(shè)計、工藝設(shè)備布置設(shè)計、管道設(shè)計理論、制藥過程與原理、藥物制劑生產(chǎn)工藝、藥品生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范、化學工程、藥物分離與純化技術(shù)等，還要具有生物制藥工藝設(shè)計的專門知識，如發(fā)酵工程、生化工程、基因工程、酶工程、細胞工程、蛋白質(zhì)工程、抗體工程和生物催化反應器等，努力做到設(shè)計上規(guī)范、技術(shù)上先進、經(jīng)濟上合理。
作為醫(yī)藥企業(yè)從事工藝生產(chǎn)的技術(shù)人員需要了解設(shè)計程序和標準規(guī)范，并具有豐富的社會實踐和專業(yè)知識，才能提供必要的設(shè)計條件和設(shè)計基礎(chǔ)資料，協(xié)同設(shè)計單位完成符合標準規(guī)范要求并滿足藥品生產(chǎn)要求的設(shè)計工作。