（1）潔凈手術室的面積:潔凈手術室的面積主要根據所做手術的類別而定，要滿足手術操作和醫療設備裝置的需要，過大過小都不相宜。過小不能合理安排醫療設備，更難于適應手術操作的需要；過大不僅增加空調負荷，還增加滅菌消毒負擔。手術臺的尺寸為0.6m×2m，其周圍至少需要2m的空間以供醫護人員操作及安放器械桌、麻醉器等。因此手術室的寬度應不小于4.5m-5m，深度不少于6m。大型手術室內的工作人員多，其面積可為6m×6m或6m×7m，心臟外科手術室應適當加寬為6m×9m或7m×8m，以便安放體外循環機，心腦電圖機等。
（2）潔凈手術室的平面形狀：常見的平面形狀是方形、長方形兩類，而近年來國內外大量采用八角形手術室，且使每個內角均大于90°，易于清潔，由于去掉了死角，使凈化后空氣能滲透到每個角落，有較好的凈化效果。此外，八角形的設計增加了光線散射效果，使潔凈手術室內光線均勻，而且還能充分利用建筑空間，將風管和嵌入設備安裝在去掉的四個墻角內。
（3）潔凈手術室的凈高:潔凈手術室內含有大量揮發性麻醉氣體，遇氧易爆炸，會發生意外事故，所以層高不宜過低，考慮到凈化設備及空調設備的經濟性，各類手術無影燈的配套，手術室的凈高應在3m左右為最佳。