藥廠工藝流程設(shè)計是在確定原料路線和技術(shù)路線的基礎(chǔ)上進(jìn)行的，它是整個藥廠工藝設(shè)計的中心工藝流程設(shè)計是工程設(shè)計中最重要、最基礎(chǔ)的設(shè)計步驟，對后續(xù)的物料衡算、能量衡算、藥廠工藝設(shè)備設(shè)計、藥廠車間布置設(shè)計和管道布置設(shè)計等單項設(shè)計起著決定性的作用，與車間布置設(shè)計一起決定著車間或裝置的基本面貌。因此，藥廠設(shè)計人員在設(shè)計工藝流程時，要做到認(rèn)真仔細(xì)，反復(fù)推敲，努力設(shè)計出技術(shù)上先進(jìn)可靠、經(jīng)濟(jì)上合理的工藝流程。
藥廠工藝流程設(shè)計的任務(wù)是通過圖解和必要的文字說明將原料變成產(chǎn)品（包括污染物治理）的全部過程表示出來。具體包括以下內(nèi)容:
（1）確定藥廠工藝流程的組成。確定工藝流程中各生產(chǎn)過程的具體內(nèi)容、順序和組合方式，是工藝流程設(shè)計的基本任務(wù)。生產(chǎn)過程是由一系列的單元反應(yīng)和單元操作組成的，在工藝流程圖中可以用設(shè)備簡圖和過程名稱來表示，各單元反應(yīng)和單元操作的排列順序和組合方式可以用設(shè)備之間的位置關(guān)系和物料流向來表示。
（2）確定藥廠工藝流程中工序劃分及其對環(huán)境的衛(wèi)生要求（如潔凈度）
（3）確定載能介質(zhì)的技術(shù)規(guī)格和流向。水、電、氣（汽）、冷等，其技術(shù)規(guī)格和流向可用文字和箭頭直接表示在圖紙上。
（4）確定操作條件和控制方法。保持生產(chǎn)方法所規(guī)定的工藝條件和參數(shù)，是保證生產(chǎn)過程按給定方法進(jìn)行的必要條件。藥廠工藝流程設(shè)計要確定各加工工序和單元操作的空氣潔凈度、溫度、壓力、濃度、流量、流速、pH值、分裝、包裝量等檢測點，顯示儀器和儀表以及各操作單元之間的控制方法（手動、機(jī)械化或自動化）
（5）確定安全技術(shù)措施。對生產(chǎn)中可能存在的各種安全問題，應(yīng)確定相應(yīng)的預(yù)防和應(yīng)急措施，如:設(shè)置阻火器、報警裝置、爆破片、安全閥、安全水封、放空管、逸流管、泄水裝置、防靜電裝置，此外，應(yīng)增加防毒、防雷、防爆、防塵、防噪等措施在確定安全措施時，應(yīng)特別注意開車、停車、停水、停電和檢修等非正常運轉(zhuǎn)情況下可能存在的各種安全問題。
（6）繪制工藝流程圖，編寫生產(chǎn)工藝操作規(guī)程。根據(jù)工藝流程圖編寫生產(chǎn)工藝操作規(guī)程，闡述從原料到產(chǎn)品的每一個過程和步驟的具體操作方法例如原料及中間體規(guī)格，加入量或加入速度，配比，工藝操作條件（如時間、溫度、壓力、濃度等），控制方法，過程現(xiàn)象，異常情況處理，產(chǎn)物的得量、收率、轉(zhuǎn)化率、質(zhì)量規(guī)格等
藥廠工藝流程設(shè)計通常采用兩個階段，即初步設(shè)計和施工圖設(shè)計。在初步設(shè)計階段，需繪制工藝流程框圖、工藝流程示意圖、物料流程圖和帶控制點的工藝流程圖；在施工圖設(shè)計階段，需繪制施工階段帶控制點的工藝流程圖。
根據(jù)生產(chǎn)工藝流程圖，編寫生產(chǎn)工藝操作說明書，闡述從原料、輔料到產(chǎn)品的每一個過程和步驟的具體操作辦法。