制藥廠潔凈室常用的管道有:無縫鋼管、不銹鋼管、焊接鋼管、軟管。
管路中使用各種閥門調節流量、切斷管路以對管路起安全、控制作用。根據閥門在管路中的作用不同，分為截止閥、節流閥、止回閥、安全閥、減壓閥；根據閥門的結構不同，分為閘閥、球閥、蝶閥、隔膜閥等；根據閥門材料不同，分為不銹鋼閥、鑄鐵閥、塑料閥等。
管路的連接包括管道與管道、管道與管件（包括短管、彎頭、三通、四通、異徑管、絲堵、盲板、視鏡、阻火器、過濾器等）的連接、閥門與設備接管口的連接。常見的連接方式有:法蘭連接、螺紋連接、焊接、卡連接等。
制藥廠的潔凈生產廠房可根據業主要求、建設規模、投資等情況確定潔凈室上下水、空氣管道等是否采用不銹鋼管道和不銹鋼閥門。當不銹鋼管和普通鋼管需要連接時，應在連接處采用法蘭連接。
制劑車間管道設計除按化工生產一般設計規定外，還須遵守下列原則:
（1）在有潔凈要求的區域，工藝配管中的公用工程系統主管應敷設在技術夾層、技術夾道或技術豎井中。這些主管上的閥門、法蘭、螺紋接頭不宜設在技術夾層、技術夾道或技術豎井內，這些地方的管道連接應采用焊接。對于這些主管的吹掃口、放凈口和取樣口均應設置在技術夾層、技術夾道或技術豎井之外。
（2）在滿足工藝要求的前提下，工藝管道應盡量縮短。輸送無菌介質的管道應設置滅菌措施，管道不得出現無法滅菌的“盲區”。
（3）輸送純化水、注射用水的主管應采用環形布置，不應出現“管”等死角。
（4）藥廠潔凈室內的管道應排列整齊、管道應盡量少敷設，引入非無菌車間的管道可明敷，引無菌車間的支管不可明敷，盡量減少潔凈室內的閥門、管件和管道支架。管道的連接方式常采用安裝、檢修和拆卸均較方便的卡箍連接。
（5）排水主管不應穿過潔凈度要求高的房間，100級潔凈室內不得設地漏，1萬級潔凈室和10萬級潔凈室也應少設地漏。設在潔凈室的地漏應采用帶水封、帶隔柵和塞子的全不銹鋼內拋光的潔凈室地漏，開啟應方便，能防止廢氣倒灌。必要時可消毒滅菌。潔凈區的排水總管頂部設排氣罩，設備排水口應設水封，地漏均需帶水封。
（6）藥廠潔凈室管道應視其溫度及環境條件（溫度、濕度）確定絕熱條件。冷保溫管道的保溫層外壁溫度不得低于環境的露點溫度。管道保溫層表面必須平整、光潔，整體性能好，不易脫落，不散發顆粒，絕熱性能好，易施工的材料，并宜用金屬外殼保護。
（7）藥廠潔凈室內的配電設備的管線應暗敷，進入室內的管線口應嚴格密封，電源插座宜采用嵌入式。
（8）藥廠潔凈室及技術夾層、技術夾道內應設置滅火設施和消防給水系統。